Los años 2000-2005
2000 – 2001
Retrospectiva de dibujos en el Museo Rupertinum de Salzburgo, Austria.
Académico numerario de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, Madrid.
Participa en la carpeta Suite Europa del Ministerio de Asuntos Exteriores en conmemoración de la Presidencia Española de la Comunidad Europea.
2002 – 2004
La Fundación Museo del Grabado Contemporáneo de Marbella presenta y cataloga once años de creación gráfica en Obra Gráfica III (1991–2002).
Realiza un techo-mural para la nueva Sala de Gobierno del Ayuntamiento de Barcelona, titulado Núvol en forma de malla per l’Ajuntament de Barcelona. El Museu d’Art Contempòrani de Barcelona presenta la exposición retrospectiva Joan Hernández Pijuan. Volviendo a un lugar conocido. 1972-2002, exposición itinerante por el Musée d’Art et d’Histoire de Neuchatel; la Kontnshalle Malmoe de Malmöe y la Galleria Comunale d’Arte Moderna de Bolonia.
2004 – 2005
El Ayuntamiento de Barcelona le concede el Premio Ciutat de Barcelona de Artes Plásticas. Participa en la 51 Biennal de Venecia, en L’Esperienza dell’Arte y Sempre un po’più lontano en el pabellón de Italia.
Premio Nacional de Arte Gráfico en reconocimiento de una trayectoria.
Muere en su casa de Barcelona el 28 de diciembre, siendo sus cenizas enterradas en el cementerio de Folquer frente al paisaje que tanto amó.
